مولانا امین احسن اصلاحی صاحب کے آخری دور میں ان کے نظریات میں، اُن کی زندگی کے دورِ اوّل کے مقابلے میں، خاصی تبدیلی بلکہ انحراف آ گیا تھا۔ دوِر ثانی کی تحریروں سے، جن میں ان کے دروس پر مبنی صحیح بخاری کی شرح (دو جلدیں) اور تفسیر ’تدبر قرآن‘ اور ’مبادئ تدبر حدیث‘ وغیرہ شامل ہیں، فتنۂ انکار حدیث کو بڑی تقویت ملی، کیونکہ ان کتابوں میں بے دردی سے احادیثِ صحیحہ اور مسلّماتِ اسلامیہ کا انکار کیا گیا ہے۔